Matías Fernández fue anunciado como uno de los refuerzos estrella del Junior de Barranquilla para el Torneo Apertura 2019 de Colombia pero las cosas no estuvieron de su lado en lo personal.
Sin embargo, el equipo tiburón respondió a nivel colectivo y logró meterse en la final, la cual disputan con el Deportivo Pasto al que ya vencieron 1-0 en el encuentro de ida disputado en Barranquilla.
En estos momentos, el encuentro de vuelta se disputa en El Campín de Bogotá y allí Fernández es suplente en el equipo que dirige Julio Comesañaluego de tres encuentros consecutivos sin ser convocado.
El mediocampista, exseleccionado chileno, no ha tenido mayor regularidad con Junior y la última vez que vio minutos fue a finales de abril, precsiamente frente a Deportivo Pasto.